فرآیند پاستوریزه شیر عبارت است از نوعی فرآیند حرارتی روی شیر که قادر است باسیل سل را به طور کامل نابود کند بدون آن‌که اثر نامطلوب و ناخواسته­ دیگری بر روی شیر بگذارد. از آن‌جایی که باسیل سل مقاوم‌­ترین عامل بیماری­­‌زای شیر است، از بین رفتن آن تضمین از بین رفتن سایر عوامل بیماری‌­زا نیز ارزیابی می­‌شود. باسیل سل در دمای 72-75 سانتی‌گراد و زمان 16–20 ثانیه از بین می­‌رود. جدای از میکروارگانیزم­‌های بیماری‌­زا، شیر حاوی میکروارگانیزم­‌هایی است که بر طعم و ماندگاری سایر فراورده‌­های لبنی اثر مخرب دارد. لذا هدف دوم فرآیند پاستور از بین بردن همین میکروارگانیزم­‌هاست. از آن‌جایی که آنزیم فسفاتاز همواره در شیر خام موجود است و این آنزیم توسط فرآیند پاستور به راحتی از بین می­‌رود، نبود آنزیم فسفاتاز در شیر پاستوریزه صحت انجام فرآیند را تایید می­‌کند.